Las preocupaciones sobre la guerra nuclear también afectaron al gobierno. Hubo una prisa en los años 50 y 60 para proporcionar refugios para agencias y organismos gubernamentales.
El gobierno del estado de Nebraska también sintió la necesidad de proporcionar una forma de seguir operando en caso de un ataque. En la mansión del gobernador, el estado construyó un pequeño refugio en el sótano. A pesar de la seria intención detrás del refugio, al menos los dos primeros gobernadores que vivieron con el refugio no quedaron muy impresionados. El gobernador Frank Morrison y su esposa, Maxine, pensaban que era un lugar húmedo al que preferirían no ir. La esposa del gobernador J. J. Exon, Pat, decidió que podía darle un buen uso a esa cualidad: cultivó reptiles nocturnos en el refugio para apoyar su pasatiempo favorito, la pesca.
El estado también construyó un Centro de Operaciones de Emergencia en 1963 detrás de la sede de la Guardia Nacional en el Aeropuerto de Lincoln. Rápidamente se hizo conocido como el "capitolio subterráneo".
En la superficie, el capitolio subterráneo no parece gran cosa. Hay un pequeño edificio de ladrillos, un cartel y una antena alta. Pero, bajo tierra, hay un búnker fortificado con espacio suficiente para 209 personas. El gobierno estatal podría operar desde el búnker durante una emergencia, como un ataque nuclear o un desastre natural. Se proporcionó espacio para los líderes y una o dos personas clave de la mayoría de las agencias estatales. Las agencias más destacadas fueron el Departamento de Carreteras, la Patrulla Estatal y el Jefe de Bomberos. También se proporcionó espacio para el almacenamiento de datos de referencia que podrían utilizar durante una emergencia nacional.
Había suficientes suministros para que la gente existiera hasta 30 días después de una explosión nuclear. Había alimentos, agua, saneamiento, papel, lápices y otros equipos y suministros disponibles para que los empleados estatales no tuvieran que abandonar las instalaciones subterráneas por ningún motivo. Los generadores de reserva podrían alimentar el capitolio subterráneo si ocurriera un corte de energía. Después de un ataque nuclear, el aire pasaría a través de filtros químicos, biológicos y radiológicos para purificar el aire que ingresa a la estructura. El corazón de la instalación fue la sala de comunicaciones con radios, teléfonos y, posteriormente, redes informáticas.
En la actualidad, el refugio antiaéreo alberga la Agencia de Defensa Civil de Nebraska y se utiliza para operaciones de emergencia durante desastres naturales o provocados por el hombre. Por ejemplo, en 1993 una violenta tormenta de viento azotó el este de Nebraska y el centro permitió que 35 funcionarios de defensa civil controlaran la respuesta de emergencia. También hay un teléfono verde en el centro con una bombilla de aspecto ominoso en la parte superior y un teléfono rojo cerca; estas son líneas directas a las plantas de energía nuclear de Cooper y Fort Calhoun. Si bien la amenaza de una guerra nuclear ha disminuido, aún existe la posibilidad de accidentes nucleares. Además, el material nuclear agotado se transporta a través del estado con frecuencia y algunas armas nucleares aún permanecen en el oeste de Nebraska.
El capitolio subterráneo fue construido para estar a salvo de la radiación. Pero no está a salvo de la madre naturaleza. Se han desarrollado fugas en el techo de 42 pulgadas de espesor, y la lluvia ahora se filtra.
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